Troisdorf liegt an der Sieg, einem Nebenfluss des Rheins, und an der Agger, die ihrerseits ein Nebenfluss der Sieg ist und die Stadtgrenze zur Nachbarstadt Siegburg bildet. In Troisdorf mündet die Agger in die Sieg. Parallel zum Verlauf der Sieg fließt der Mühlengraben, der bis zum Ende des 20. Jahrhunderts unter anderem zum Antrieb von zwei Getreidemühlen auf Troisdorfer Stadtgebiet diente. Das Wasser wird am Aggerwehr aus der Agger abgeleitet und bei Bergheim wieder der Sieg zugeführt.