Zündorf liegt im Süden von Köln direkt am Rhein. Östlich grenzt der Stadtteil Zündorf an Elsdorf und Wahn, im Südosten an Libur, im Süden an Niederkassel-Ranzel, im Südwesten an Langel und im Westen an den Rhein. Auf der gegenüberliegenden, westlichen Rheinseite befinden sich die Kölner Stadtteile Weiß und Sürth.